Удивительно, как мозг работает после перерыва.Чтобы исправить это, мне нужен был перерыв, если честно.
Моя ссылка указывала на VirtualServer, проблема заключалась в том, что www.example.com указывал на правильный сервер, а у меня не было файла VirtualServer для "example.com."и он просто брал первый файл (очевидно, неправильный) и находился в неправильной папке CodeIgniter и в неверном файле базы данных.
Так что для исправления мне просто нужно отредактировать директиву apache и добавить после" ServerName "www.example.com "раздел другой раздел без www, который выглядит следующим образом:
ServerName example.com
ServerAlias example.com
DocumentRoot "/home/example/public_html"
<Directory "/home/example/public_html">
AllowOverride All
allow from all
Options Indexes FollowSymLinks MultiViews Includes ExecCGI
Require all granted
</Directory>
И это исправило мою проблему