Подведение итогов таблицы в виде матрицы

Question

У меня есть данные, в каких областях встречаются определенные виды, где 1 = присутствует, а 0 = отсутствует.Я хотел бы создать попарную матрицу, суммирующую количество видов с общими областями.Это пример моих данных:

Мои данные:

structure(c(0.5, 0.3, 0.25, 0.5, 0.3, 0.25, 0, 0.3, 0.25, 0, 0, 0.25), .Dim = 3:4, 
          .Dimnames = list(c("Species1", "Species2", "Species3"), 
                           c("AreaA", "AreaB", "AreaC", "AreaD")))

         AreaA AreaB AreaC AreaD
Species1  0.5   0.5   0     0
Species2  0.3   0.3   0.3   0
Species3  0.25  0.25  0.25  0.25

И в конце я бы хотел что-то вроде этого:

      AreaA AreaB AreaC AreaD
AreaA     0   2.1   1.1   0.5
AreaB         0     1.1   0.5
AreaC               0     0.5
AreaD                     0

У меня есть списокиз более чем 50 000 видов мне нужно подвести итоги для общих областей.

Answer 1

Редактировать:

Теперь кажется, что вы пытаетесь суммировать содержимое столбцов, где эти столбцы больше нуля.Это сбивает с толку, потому что первая часть вашего вопроса больше не применяется (0 = отсутствует, 1 = присутствует).Поэтому я оставил ваши исходные данные и решение исходной проблемы ниже.Если вы уточните, что именно вы хотите, я также могу уточнить ответ.

Матрица, которую вы сейчас имеете в своем вопросе, может быть получена следующим образом:

M <- structure(c(0.5, 0.3, 0.25, 0.5, 0.3, 0.25, 0, 0.3, 0.25, 0, 0, 0.25), .Dim = 3:4, 
          .Dimnames = list(c("Species1", "Species2", "Species3"), 
                           c("AreaA", "AreaB", "AreaC", "AreaD")))

Shared <- matrix(0, nrow = ncol(M), ncol = ncol(M))
rownames(Shared) <- colnames(M)
colnames(Shared) <- colnames(M)
for(i in 1:ncol(M)){
    Shared[i, -i] <- apply(M[, -i], 2, function(x){sum(pmin(M[, i] + x)[M[, i] > 0 & x > 0])})
}

> print(Shared)
      AreaA AreaB AreaC AreaD
AreaA   0.0   2.1   1.1   0.5
AreaB   2.1   0.0   1.1   0.5
AreaC   1.1   1.1   0.0   0.5
AreaD   0.5   0.5   0.5   0.0

---

Старый ответ

Это решение суммирует количество существующих видов среди областей:

M <- matrix(c(1,1,0,0,
              1,1,0,0,
              0,0,1,1), nrow = 3, byrow = TRUE)

colnames(M) <- paste0("Area", LETTERS[1:4])
rownames(M) <- paste0("Species", 1:3)

Shared <- matrix(0, nrow = ncol(M), ncol = ncol(M))
rownames(Shared) <- colnames(M)
colnames(Shared) <- colnames(M)
for(i in 1:ncol(M)){
  Shared[i, -i] <- apply(M[, -i], 2, function(x){sum(M[, i] == 1 & x == 1)})
}

Если вы хотите отобразить только верхний треугольник, просто сделайте это:

Shared[lower.tri(Shared)] <- '' # or NA if you want the numbers to stay numbers
print(Shared)

> print(Shared)
      AreaA AreaB AreaC AreaD
AreaA "0"   "2"   "0"   "0"  
AreaB ""    "0"   "0"   "0"  
AreaC ""    ""    "0"   "1"  
AreaD ""    ""    ""    "0"  

Если вы просто пытаетесь найти области с большим перекрытием, вы также можете просто использовать вместо этого функцию расстояния (например, dist(t(M), method = "manhattan")).