Я тоже видел эту проблему с 64-битным отладчиком. Вам определенно нужно отлаживать оба одновременно?
Если нет, когда вам нужно отладить собственный код, вы можете запустить управляемое приложение и присоединить отладчик, вручную выбрав «Отечественный код» в качестве типа отладки (в отличие от «Автоматически», который может выбрать как Управляемый, так и Собственный).