В Windows Autohotkey хорошо работает как с графическим интерфейсом, так и с самой системой. Я не нашел ничего похожего в Linux. Существуют горячие клавиши и приложения, которые выполняют замену текста, но не имеют ничего общего с Autohotkey в Windows.
Я не могу понять, находится ли IronAHK в Альфе или он вообще заброшен. В последнее время ничего не слышал. Autokey - это просто замена текста, если я правильно помню.
Вы можете запустить Autohotkey в Wine, но он теряет возможность манипулировать GUI в этой среде и, насколько мне известно, может взаимодействовать только с другими программами, запущенными в Wine