Вы можете сохранить время начала в сеансе php. Затем каждый раз, когда вы загружаете страницу, вы можете продолжать таймер обратного отсчета с помощью JavaScript, например,
<?php
//on every page
session_start();
//when you start
$_SESSION['start_time'] = time();
Тогда на каждой странице:
<script type="text/javascript">
var startTime = <?php echo $_SESSION['start_time']; ?>;
//calculate remaining time
</script>
Вам нужно будет следить за тем, когда часовые пояса отличаются или когда часы клиента неверны. Возможно, вместо этого вы могли бы рассчитать оставшееся время в секундах и распечатать его в javascript на каждой странице, но тогда у вас может быть неточность в соединениях с высокой задержкой и т. Д.