Это легко сделать с помощью морфологической трансформации
Вы можете проверить документы здесь
Примерно так должно работать:
import cv2
import numpy as np
img = cv2.imread('some_image.png',0)
kernel = np.ones((5,5),np.uint8)
closing = cv2.morphologyEx(img, cv.MORPH_CLOSE, kernel)
Вы можете поиграть со значениями внутри ядра, чтобы закрыть отверстия с определенным размером.
Надеюсь, это помогло