Попробуйте ниже, вы снова выбираете значения, которые являются их в обеих таблицах, но вам нужно выбрать, которых нет во второй таблице, я обновил запрос
Select concat(REFNO_PFIX,'00',REFNO_SERL) as EventName,CROSS_REF from tizone1.baseevent where concat(REFNO_PFIX,'00',REFNO_SERL) not in ( SELECT baseevent.CROSS_REF from tizone1.baseevent as ta left join tizone1.baseevent as lta on ta.EventName = lta.CROSS_REF group by master_key );