Shinyapps.io развернуть не удалось при установке пакета - PullRequest
Новая
       26

Shinyapps.io развернуть не удалось при установке пакета

0 голосов
/ 18 декабря 2018

Я публикую это, потому что мне не удалось опубликовать решения в других местах.Я пытаюсь повторно развернуть блестящую черту, но не удается установить пакет при развертывании.

Это ошибка BioConductor, но пакет, для которого, по ее утверждению, произойдет сбой, является пакетом CRAN, и поэтому японятия не имею, что делать.

MRE: 

library(ggseg); library(shiny); library(tidyverse); library(plotly)

# Define UI ----
ui <- fluidPage(

  # Application title
  titlePanel("Demonstration of ggseg package"),

  # Sidebar with a slider input for number of bins 
  sidebarLayout(
    sidebarPanel(
      radioButtons(inputId = "atlasChoice", label="Choose atlas", 
                   choiceValues = c("dkt_3d","yeo7_3d",), 
                   choiceNames = c("DKT", "Yeo7"),
                   inline = FALSE, width = NULL),
      radioButtons(inputId = "positionChoice", label="Choose position", 
                   choices = c("LCBC left","LCBC right"), 
                   inline = FALSE, width = NULL)
    ),

    # Show a plot of the generated distribution
    mainPanel(
      uiOutput("plotUI")
    )
  )
)

# Define server  ----
server <- function(input, output) {

  output$plotUI <- renderUI({
    plotlyOutput("plotlyPlot")
  })

  output$plotlyPlot <- renderPlotly({

cc = strsplit(input$positionChoice, " ")[[1]]

ggseg3d(atlas=input$atlasChoice, 
        surface=cc[1],
        hemisphere=cc[2]
)
  })
}

# Run the application 
shinyApp(ui = ui, server = server)

Мои репозитории установлены так: 

getOption("repos")
                                               BioCsoft 
           "https://bioconductor.org/packages/3.7/bioc" 
                                                BioCann 
"https://bioconductor.org/packages/3.7/data/annotation" 
                                                BioCexp 
"https://bioconductor.org/packages/3.7/data/experiment" 
                                          BioCworkflows 
      "https://bioconductor.org/packages/3.7/workflows" 
                                                   CRAN 
                             "https://cran.rstudio.com"

И ошибка следующая: 

Preparing to deploy document...DONE
Uploading bundle for document: 619289...DONE
Deploying bundle: 1770029 for document: 619289 ...
Waiting for task: 573690766
  building: Parsing manifest
################################ Begin Task Log ################################ 
################################# End Task Log ################################# 
Error: Unhandled Exception: Child Task 573690767 failed:  
Error parsing manifest: Unable to determine package source for Bioconductor package oompaBase: Repository must be specified  
Execution halted

1 Ответ

0 голосов
/ 05 апреля 2019

Я не знаю, решил ли Athanasia это в конце концов, но у меня была похожая проблема сегодня, поэтому вот что сработало для меня, на случай, если это пригодится кому-то еще:)

Мое приложение использует biomaRt, который, я думаю, зависит от Biobase.Когда я пытался выполнить развертывание, у меня была ошибка: 

Error: Unhandled Exception: Child Task 601909864 failed: Error parsing manifest: Unable to
determine package source for Bioconductor package Biobase: Repository must be specified

Я изменил свои настройки репозитория в соответствии с инструкциями, которые я нашел здесь .Это само по себе также не сработало.

После переустановки Biomart с помощью BiocInstaller::biocLite() мое приложение успешно развернуло:)

...