Я не могу полностью следовать вашему описанию.Я понял, что вы строите многомодульный проект Maven, который содержит одну войну и несколько банок.Вы хотите поместить классы в войну и в банки.
Для этого у вас есть исходный код войны в src/main/java
внутри модуля войны, и вы ссылаетесь на нужные вам банки как зависимости вваш pom.xml
.