Синхронизируйте только те объекты, которыми вы управляете / изменяете.
Оставьте системные объекты несинхронизированными.Или, если вы это сделаете, создайте другой проект для системных объектов (как вы сказали, их много) и обновите только для обновлений и т. Д.
Это не только упростит git, так что у вас есть только объекты, которыми вы управляете, но вы также предотвратите возникновение проблем при попытке обновления sitecore в будущем (и случайную синхронизацию старых версий элементов sitecore.