R Studio - 'qr' и 'y' должны иметь одинаковое количество строк - PullRequest
Новая
       18

R Studio - 'qr' и 'y' должны иметь одинаковое количество строк

0 голосов
/ 22 февраля 2019

Я пытаюсь проверить, есть ли разница между средним изобилием каждого ордера для двух сред обитания, с которыми я работаю, но это выдает мне ошибку: 

Error in qr.fitted(qrhs, G) : 
  'qr' and 'y' must have the same number of rows

Вот вывод консоли: 

> #load packages
> library('vegan')
> library('dplyr')
> #set working directory
> setwd('C:/Users/melan/OneDrive/Documents/Year 3/Dissertation/R Studio')
> #Read in Csvs
> dat<-read.csv ('SKOMER_2018_Species_List_Abundance.csv')
> dat2<-read.csv('Species and Abundance.csv')
> #create data to link in environmental factors
> datenv <-
+   dat %>%
+   group_by(Video) %>%
+   summarise(habitat=unique(Sediment),
+             date=unique(Date),
+             time=unique(Time),
+             tide=unique(Tide),
+             depth=unique(Depth),
+             visit=unique(Visit),
+             order=unique(order))%>% arrange(order)
> #PERMANOVA 2 - MEDIANS
> ord<-read.csv('Order2.csv')
> head(ord)
            Name Order X1 X2 X3 X4 X5 X6 X7 X8 X9 X10 X11 X12 X13 X14 X15 X16 X17 X18 X19
1   Malacostraca   MAL 11 10  9  7  5 11 11  8  6   5   9   7   3   7   3   2   4   6   1   2   4
2 Actinopterygii   ACT 11  5  4  3  2  2  5  6  5   6  51  15   2   5   3  37   5   5   2   3   0
3     Polychaeta   POL  0  0  0  1  0  2  1  2  3   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0
4       Bivaliva   BIV  0  0  0  0  0  1  1  0  0   0   0   0   2   0   1   0   0   0   0   3   0
5  Chondrichthys   CHO  0  0  0  0  0  0  0  1  0   0   3   3   0   0   0   0   0   0   0   0   0
6    gastropodoa   GAS  3  4 10  6  6  6 14  2  6  14   1   2   0   0   8   2   0   6   4   2   1
> #flip table 
> ord2<- t((ord[,3:ncol(ord)]))
> dimnames(ord2)[[2]]<-ord$Order
> head(ord2)
   MAL ACT POL BIV CHO GAS OPH TEN
X1  11  11   0   0   0   3   0   3
X2  10   5   0   0   0   4   0   0
X3   9   4   0   0   0  10   0   0
X4   7   3   1   0   0   6   0   0
X5   5   2   0   0   0   6   0   0
X6  11   2   2   1   0   6   0   0
> mod3<-adonis2(ord2~habitat, data=datenv)
Error in qr.fitted(qrhs, G) : 
  'qr' and 'y' must have the same number of rows
> (mod3)
Error: object 'mod3' not found

Я понимаю, что этой информации может не хватить, но я не очень разбираюсь в этой программе.Я был бы очень признателен за любую помощь, и, пожалуйста, дайте мне знать, если есть какая-либо дополнительная информация, которую я могу предоставить.

Спасибо

...