Вы можете получить индексы столбцов по следующему коду:
df[1, -1] == df[4, -1] | df[4, -1] == df[8, -1]
# X1 X2 X3
# 1 TRUE FALSE TRUE
# data
df <- structure(list(Step = 1:10, X1 = c(5L, 5L, 5L, 5L, 13L, 15L,
17L, 19L, 21L, 23L), X2 = c(10L, 11L, 13L, 15L, 18L, 20L, 23L,
25L, 27L, 30L), X3 = c(6L, 5L, 9L, 10L, 10L, 10L, 10L, 10L, 13L,
7L)), class = "data.frame", row.names = c(NA, -10L))