Трудно не увидеть ваши изображения, но вы можете попробовать с ImageMagick следующим образом:
convert input.png -trim +repage output.png
и посмотреть, работает ли это.Если это почти работает, попробуйте:
convert input.png -fuzz 25% -trim +repage output.png
Если это работает, создайте резервную копию, а затем сделайте их все с помощью GNU Parallel :
find . -name \*.png -print0 | parallel -0 mogrify -trim +repage {}