С помощью разобрался, добавив несколько js.
$(window).load(function() {
$('#carousel').flexslider({
animation: "slide",
controlNav: false,
animationLoop: false,
slideshow: false,
itemWidth: 210,
itemMargin: 5,
asNavFor: '#slider',
start: function() {
$('#carousel li').on('click', function(e){
stopVideos();
});
$('#carousel li').on('click', function(e){
stopVideos();
});
}
});
$('#slider').flexslider({
animation: "slide",
controlNav: false,
animationLoop: false,
slideshow: false,
sync: "#carousel",
start: function() {
$('.flex-next').on('click', function(e){
stopVideos();
});
$('.flex-prev').on('click', function(e){
stopVideos();
});
}
});
});
function stopVideos() {
$('.iframe-vid').each(function() {
this.contentWindow.postMessage('{"event":"command","func":"pauseVideo","args":""}', '*')
});
}