Вы видите сообщение об ошибке:
Не удалось разрешить хост: github.com;Имя или служба неизвестна
Это проблема с сетевым подключением.См., Например, этот связанный ответ переполнения стека.
Вы также упоминаете, что:
Я должен запустить это как пользователь ec2, а не как root.
Вы, однако, не сказали, почему, и в целом, нет никаких причин не использовать пользователя root для клонирования кода из Github.
Если вы должны выполнить команду какпользователь ec2, попробуйте:
cd /home/ec2-user
su ec2-user -c "git clone https://github.com/...git"
Если вам просто нужен пользователь root для использования закрытого ключа, принадлежащего другому пользователю:
GIT_SSH_COMMAND="ssh -i /home/ec2-user/.ssh/id_rsa" git clone git@github.com:....git
В противном случае просто клонируйте код с помощьюHTTPS от имени пользователя root будет работать нормально (если вы решите проблему с сетью).