GLMMadaptive для полунепрерывных данных - PullRequest
0 голосов
/ 23 февраля 2019

Я имею дело с очень сложным в работе набором данных: плотность личинок рыб.Это полунепрерывные данные с 90% нулей и асимметричным распределением, с очень немногими очень большими значениями.Я хотел бы, например, сделать некоторые прогнозы об особенностях окружающей среды и плотности личинок.Я пытаюсь использовать модель из двух частей ( GLMMadaptive для полунепрерывных данных), family = hurdle.lognormal().

Но команда summary не работает с моделями, оснащенными mixed_model(), family = hurdle.lognormal().Итак, я не знаю, как получить стандартные ошибки, p-значения и доверительные интервалы для моих предикторов.

Другой вопрос связан с добротностью соответствия для остатков.Как я могу его найти?

Кроме того, я пытался установить нулевую модель без фиксированных эффектов, ища значимость модели, но не смог ее исправить, потому что она дает мне следующее сообщение:

Ошибка в .subset2 (x, i, точный = точный): индекс за пределами границ

Nullmodel <- mixed_model(fixed = Dprochilodus ~ 1, random = ~ 1|periodo, data = OeL_final, family = hurdle.lognormal(), max_coef_value = 30) 

mymodel <- mixed_model(fixed = Dprochilodus ~ ponto+Dif_his.y+temp,  random = ~ 1 | periodo, data = OeL_final, family = hurdle.lognormal(), n_phis = 1,      zi_fixed = ~ ponto, max_coef_value = 30)

Результаты моей модели:

Call: mixed_model(fixed = logDprochilodus ~ ponto + Dif_his.y + temp, 
    random = ~1 | periodo, data = OeL_final, family = hurdle.lognormal(), 
    zi_fixed = ~ponto, n_phis = 1, max_coef_value = 30)


Model:  family: hurdle log-normal  link: identity 

Random effects covariance matrix:
                StdDev (Intercept) 0.05366623

Fixed effects:   (Intercept)       pontoIR      pontoITA      pontoJEQ pontoTB     Dif_his.y          temp 
 3.781147e-01 -1.161167e-09  3.660306e-01 -1.273341e+00 -5.834588e-01  1.374241e+00 -4.010771e-02 

Zero-part coefficients: (Intercept)     pontoIR    pontoITA    pontoJEQ     pontoTB 
  1.4522523  21.3761790   3.3013379   1.1504374   0.2031707 

Residual std. dev.:
 1.240212 

log-Lik: -216.3266

Кто-нибудь работал с такой моделью?Я действительно ценю любую помощь!

Ответы [ 2 ]

0 голосов
/ 26 июля 2019

Если вы работаете в консоли Rstudio, вам может потребоваться распечатать (резюме ())

0 голосов
/ 17 марта 2019

Метод summary() должен работать с family = hurdle.lognormal().Например, вы можете позвонить summary() в приведенном примере здесь .

. Чтобы проверить соответствие, вы можете использовать остатки смоделированной шкалы, предоставленные из DHARMa *.Пакет 1009 *;для примера проверьте здесь .

Добро пожаловать на сайт PullRequest, где вы можете задавать вопросы и получать ответы от других членов сообщества.
...