Единственное отличие состоит в том, что AWS управляет их парами ключей и настраивает машины EC2, чтобы вы могли подключаться с их помощью.
Вам всегда нужно устанавливать пару ключей AWS (примечание: вы можете загрузить свои собственные ключи SSHвместо того, чтобы AWS создал его для вас).
Вы можете настроить свои экземпляры EC2 так, чтобы вы могли использовать дополнительные ssh-ключи, если хотите, но вам придется управлять этим самостоятельно.