У меня есть системная команда в R studio, которая терпит неудачу, тогда как та же самая команда работает от R, используя Terminal в Mac.Может кто-нибудь намекнуть, что здесь не так:
От RStudio:
> system('/bin/qt query -i /var/folders/z0/kms9x7hd6hgdtbtk3kxnjcjxw2_l57/T//RtmprObPeS/9c810678b567d9a52dec9a86/5.gz -v -d /var/folders/z0/kms9x7hd6hgdtbtk3kxnjcjxw2_l57/T//RtmprObPeS/94047c0ddd9fb36a892047be/0.phe.db -p "Phe=2" -g "count(UNKNOWN)<=0" -p "Phe=2" -g "HOM_ALT" > /var/folders/z0/kms9x7hd6hgdtbtk3kxnjcjxw2_l57/T//RtmprObPeS/9c810678b567d9a52dec9a86/out.vcf')
gqt: SQL error 'no such table: ped' in query 'SELECT BCF_ID FROM ped WHERE Phe=2 ORDER BY BCF_ID;': No such file or directory
Похоже, что сообщение об ошибке как-то связано с инструментом, но также показывает ошибку No such file or directory, тогда как та же командаработает с терминала, как показано ниже.
С терминала R:
> system('/bin/qt query -i /var/folders/z0/kms9x7hd6hgdtbtk3kxnjcjxw2_l57/T//RtmprObPeS/9c810678b567d9a52dec9a86/5.gz -v -d /var/folders/z0/kms9x7hd6hgdtbtk3kxnjcjxw2_l57/T//RtmprObPeS/94047c0ddd9fb36a892047be/0.phe.db -p "Phe=2" -g "count(UNKNOWN)<=0" -p "Phe=2" -g "HOM_ALT" > /var/folders/z0/kms9x7hd6hgdtbtk3kxnjcjxw2_l57/T//RtmprObPeS/9c810678b567d9a52dec9a86/out.vcf')
Команда терминала записывает вывод в файл out.vcf.