Использование поврежденного фрейма данных dplyr group_by: столбцы будут обрезаны или дополнены символами NA - PullRequest
0 голосов
/ 18 декабря 2018

Я попытался повторить этот подход, чтобы найти средства для разных групп в моем наборе данных: Означает несколько столбцов по нескольким группам и следующий код:

newtest %>%
  group_by(aligntool, paired) %>%
  summarise(vars("read_per_length"), mean)

Однако я получаюследующее сообщение об ошибке:

In format.data.frame(x, digits = digits, na.encode = FALSE) :
  corrupt data frame: columns will be truncated or padded with NAs

Я проверил, была ли это проблема с нулевыми значениями, поэтому я удалил их и получил ту же проблему.Я также сделал набор данных меньше, чтобы увидеть, если это проблема с памятью.Для справки, мой фрейм данных выглядит так:

str(newtest)
'data.frame':   100 obs. of  4 variables:
 $ Run_Sample     : Factor w/ 6 levels "Run_1768_Sample_77304",..: 5 6 3 3 4 6 2 1 6 6 ...
 $ paired         : Factor w/ 2 levels "N","Y": 2 2 1 1 1 1 1 2 2 1 ...
 $ aligntool      : Factor w/ 2 levels "bbmap","kallisto": 2 1 1 2 1 1 2 2 1 1 ...
 $ read_per_length: num  2.60e-10 1.87e-09 3.28e-09 7.63e-10 1.38e-09 ...

Есть ли проблема в том, как мой фрейм данных как-то отформатирован?Как мне решить эту проблему?

1 Ответ

0 голосов
/ 19 декабря 2018

Это должно работать:

newtest %>%
  group_by(aligntool, paired) %>%
  summarise_at(vars("read_per_length"), mean)
Добро пожаловать на сайт PullRequest, где вы можете задавать вопросы и получать ответы от других членов сообщества.
...