Дважды проверьте, правильно ли вы установили flake8 - он должен быть установлен в масштабе всей системы (не в virtualenv) и должен быть доступен в вашей переменной PATH, поэтому, если вы скажете which flake8
, вы должны получить что-то вроде /usr/local/bin/flake8
.
Также, если вы откроете devtools, как подсказывает ошибка, это может дать вам некоторые подсказки относительно того, что еще может быть не так.