Только для двух файлов стоимость не будет слишком большой; для сотен файлов это может быть немного больше ... Но затем возникает еще одна проблема: «Как определить, что входит в какой файл?»
Хороший ответ на этот вопрос "один класс на файл"; и, для тех, "один каталог на функциональный элемент"
Вы можете рассмотреть возможность использования кэша кода операции, если вы можете установить расширения на свой сервер; например, я почти всегда работаю, используя APC (см. также руководство по PHP ), который довольно прост в установке и действительно хорош для производительности (иногда он может делиться на 2 загрузки процессора сервера ^^)
Так же, как sidenote: если Aptana не может обрабатывать 400-строчные файлы, вам стоит подумать об использовании другой IDE ^^
(Eclipse PDT неплох, если у вас 2 ГБ ОЗУ - на основе Eclipse, как Aptana, поэтому не должно быть слишком «новым»)