Добавьте высоту к элементу .circle
, и ее можно отцентрировать с помощью flexbox на родительском элементе.
.square {
width: 50px;
height: 50px;
border: 1px solid black;
display: inline-flex;
justify-content: center;
align-items: center;
margin: 10px 5px; /* 10px between elements */
}
.circle {
background-color: green;
border-radius: 50%;
width: 10px;
height: 10px;
display: block;
margin: auto;
}
<div class="square">
<div class="circle"></div>
</div>
<div class="square">
<div class="circle"></div>
</div>