звучит так, будто вы пытаетесь сделать что-то вроде np.where (x, y, z), когда лучше искать индексы по отдельности.Кроме того, это помогает убедиться, что ваш список напечатан в виде массива numpy, прежде чем пытаться использовать np.where в нем.
import numpy as np
alist=[12,45,7,15,9]
alist=np.array(alist)
anewlist=[45,15,12,9,7]
anewlist=np.array(anewlist)
x=anewlist[0]
y=anewlist[1]
z=anewlist[2]
print(np.where(alist == x))
print(np.where(alist == y))
print(np.where(alist == z))
>>>(array([1], dtype=int64),)
(array([3], dtype=int64),)
(array([0], dtype=int64),)