Вам необходимо добавить следующую строку в вашем подфайле в post_install
config.build_settings['CLANG_ENABLE_CODE_COVERAGE'] = 'NO'
Это приведет к тому, что для покрытия кода для каждого модуля будет задано значение false, поэтому любой из ваших модулей будет НЕ видимымв покрытии кода вашего приложения.