AFAIK, sort.exe
не будет делать то, что вы хотите.Тем не менее, у вас есть Python, поэтому вот простой скрипт, чтобы сделать то, что вам нужно.
import sys
with open(sys.argv[1], "r") as f:
lines = [int(l) for l in f if l.strip().isdigit()]
lines.sort()
print(*lines, sep = "\n")
Сохраните его как "psort.py", используйте его так:
python psort.py input.txt > output.txt