вы уже распечатали предупреждение перед проверкой, поэтому, если нет ошибки $, оно уже покажет пустое предупреждение, сначала вы должны проверить, а затем отобразить все свои дивы внутри:
<?php if (isset($error)): ?>
<div class="alert alert-danger" role="alert">
<?php echo $error ?> <!-- or write whatever you want -->
</div>
<?php endif ?>