Также и сервер, и клиент не находятся в главной ветви.
Обновление субмодуля будет извлекать эти субмодули к их записанному SHA1 gitlink в индексе родительского репо, независимо ответвь.
Если вы хотите, чтобы они вытянули основную ветвь и обновили ее до HEAD, вам необходимо:
git submodule update --remote
Инструкция по развертыванию и общий доступ не.
Проверьте результат git ls-files --stage | grep 160000
: если вы не видите эти две папки, это означает, что их gitlink был перезаписан реальной (не подмодульной) папкой с тем же именем.