Все, что вы делаете, повлияет на другой процесс, если этот процесс думает, что у него есть блокировка файла, а затем снятие блокировки означает, что программа имеет непредвиденный сбой и может взломать или повредить вещи.
Таким образом, делайте это, только если вы точно знаете, что произойдет.
API, используемый другой программой, вероятно, использует msdn LockFile