В проекте установки Visual Studio есть способ автоматически сгенерировать имя файла MSI в соответствии с номером текущей версии приложения?
Можете ли вы запускать код после сборки при сборке .MSI? Если это так, вы можете использовать File.IO, чтобы переименовать файл и использовать что-то вроде:
System.Deployment.Application.ApplicationDeployment.CurrentDeployment.CurrentVersion