Для меня обновление всех установленных пакетов работало после того, как я получил то же сообщение об ошибке.
Проблема возникла после обновления RStudio до 1.1.463 и R до 3.5.2.Меня попросили обновить knitr, rmarkdown и yaml (думаю, было упомянуто как минимум три пакета).После обновления yaml произошла ошибка.
При обновлении всех существующих пакетов ошибка снова исчезла.Надеюсь, это поможет.