при использовании нового файла (..) java ищет файл в каталоге, из которого запускается java.exe. В случае веблогического домена это, конечно, каталог домена. Это стандартное поведение Java.
Если вы хотите загрузить файл, который находится в том же каталоге, что и файл класса, из которого вы загружаете, используйте ClassLoad.getResourcesAsStream (). Если вы хотите загрузить ресурс из пути к классам, используйте тот же метод, но префикс вашего файла с "/".