Запуск ноутбука Jupyter с окружением Conda из докера - PullRequest
Новая
       42

Запуск ноутбука Jupyter с окружением Conda из докера

0 голосов
/ 23 февраля 2019

У меня есть следующий Dockerfile: 

FROM jupyter/datascience-notebook
RUN conda create -c rdkit -n my-rdkit-env rdkit
RUN echo "source activate my-rdkit-env" > ~/.bashrc
ENV PATH /opt/conda/envs/env/bin:$PATH

, который я создаю с помощью следующей команды: 

sudo docker build -t demo .

Когда я запускаю это в интерактивном режиме со следующим: 

sudo docker run -it demo bash

Я вижу, что моя среда активирована.Однако, когда я открываю блокнот jupyter со следующим: 

sudo docker run -it -v {my_path}:/home/jovyan/notebooks --rm -p 8888:8888 demo

Затем я получаю панель мониторинга jupyter, где я вижу активированную среду в терминалах, которые я запускаю, но я не могу запустить ни один блокнот для запускасреда активирована.Совет?

вывод последней команды, приведенной выше, что приводит к записной книжке, которую я описал в предыдущем абзаце: 

Executing the command: jupyter notebook
[I 08:46:06.674 NotebookApp] Writing notebook server cookie secret to /home/jovyan/.local/share/jupyter/runtime/notebook_cookie_secret
[I 08:46:08.180 NotebookApp] JupyterLab extension loaded from /opt/conda/lib/python3.6/site-packages/jupyterlab
[I 08:46:08.180 NotebookApp] JupyterLab application directory is /opt/conda/share/jupyter/lab
[I 08:46:08.182 NotebookApp] Serving notebooks from local directory: /home/jovyan
[I 08:46:08.182 NotebookApp] The Jupyter Notebook is running at:
[I 08:46:08.182 NotebookApp] http://(3a03022aa4dc or 127.0.0.1):8888/?token=081a6dc774dd7edbbb7c6940f7db4b5a285703b6e7265449
[I 08:46:08.182 NotebookApp] Use Control-C to stop this server and shut down all kernels (twice to skip confirmation).
[C 08:46:08.182 NotebookApp] 

    Copy/paste this URL into your browser when you connect for the first time,
    to login with a token:
        http://(3a03022aa4dc or 127.0.0.1):8888/?token=081a6dc774dd7edbbb7c6940f7db4b5a285703b6e7265449
...