Чтобы заменить элементы списка при переборе по списку, вам нужно сослаться на элементы списка, используя их индексы.
Итак, если вы хотите изменить список на месте:
data_cleanBase = [dataABase, dataTestBase]
for i, dataset in enumerate(data_cleanBase):
data_cleanBase[i] = dataset.join(pd.get_dummies(dataset['Embarked'])).join(pd.get_dummies(dataset['Sex']))
В противном случае вы можете поместить результаты в новый список:
data_cleanBase = [dataABase, dataTestBase]
augmented_data = []
for dataset in data_cleanBase:
augmented_data.append(dataset.join(pd.get_dummies(dataset['Embarked'])).join(pd.get_dummies(dataset['Sex'])))