Ваша реализация содержит только файл read , но не write - поэтому ваш исходный файл не может быть изменен.Чтобы изменить исходный файл, вы должны явно записать свой график обратно в этот файл.
При условии, что вы используете библиотеку, такую как RDFLib / rdflib , следующее изменение должно бытьсделано для того, чтобы «обновить» ваш график:
from rdflib import Graph, ...
# read graph
g = Graph()
result = g.parse('./foo.owl', format ="application/rdf+xml" )
# add some triples based on your logic
# ...
# persist graph to disk
g.serialize("./foo.owl", format="xml")
Кстати - это относится не только конкретно к графам семантической сети, но и к вводу / выводу в Python в целом (например, чтение / запись обычного текста, CSVs, записи базы данных, ...).