Мне удалось сделать это с помощью RawQuery:
public void addRecordsFromTempTable() {
mDatabase.rawDao().insertRecords(new SimpleSQLiteQuery("INSERT INTO my_table (name, etc) SELECT name, et from temp_table;"));
}
Файл необработанных запросов:
@Dao
public interface RawDao {
@RawQuery()
boolean insertRecords(SupportSQLiteQuery query);