Я предполагаю, что если вы сохранили все исходные папки и построили свои библиотеки в этих исходных папках, то make distclean, если действительно правильно включить, очистит все скомпилированные вещи, и вы сможете пересобрать все.
Весьма вероятно, что make distclean не очищает установленный материал, т. Е. Если make install был выполнен и все встроенные исполняемые файлы / библиотеки / заголовки также были связаны / скопированы в системный путь, например / usr /bin, / usr / local / ... или любые другие каталоги, используемые системой.
Тем не менее, если вы перекомпилируете все и если снова (после успешной перекомпиляции / перекомпиляции) выполните make install, новая версия двоичных файлов / библиотек / перезапишет старые.