Класс сущностей, который существует в предоставляемом вами репозитории github, является просто базовым классом для сущностей, созданных вручную.Вы сами создаете базовую модель или не для всех своих сущностей.
Конечно, существует несколько версий EF, но это не связано с вашим вопросом здесь.