Вы можете использовать теги для изменения группировки, как объяснено здесь: Операции группировки с тегами .
Вот примерная аннотация, которую вы можете иметь в методах вашего контроллера:
@ApiOperation(tags = { "delete" }, value = "this API operation will be grouped under the delete section", nickname = "myMethod")