Вот пример использования упорядоченного множителя, предложенного docendo discimus.
# Create dummy data frame
df <- data.frame(IUCN = sample(c("LC", "NT", "VU", "EN", "CR"), 20, replace = TRUE))
# Specify order of factors
df$IUCN <- factor(df$IUCN, levels = c("LC", "NT", "VU", "EN", "CR"), ordered = TRUE)
# Look at result
# > df$IUCN
# [1] NT LC CR EN NT LC LC EN NT NT EN LC NT LC NT NT LC CR EN VU
# Levels: LC < NT < VU < EN < CR