Вы можете попробовать что-то подобное
$xmlString = <<<XML
<?xml version='1.0'?>
<document>
<cmd>login</cmd>
<login>Richard</login>
</document>
XML;
$base64Pdf = base64_encode(file_get_contents('/path/to/file.pdf'));
$simpleXml = new SimpleXMLElement($xmlString);
$simpleXml->addChild('document', $base64Pdf);
Код для декодирования pdf.
$simpleXml = new SimpleXMLElement($xmlString);
$encodedPdf = $simpleXml->document;
$decodedPdf = base64_decode($encodedPdf);
file_put_contents("/path/to/decoded.pdf", $decodedPdf);