Основным критерием при выборе метода сохранения файлов является стоимость, связанная с ним.
Ваши изменения сделаны локально или должны быть переданы по сети?Для локальных настроек время, необходимое для сохранения файла на диск, является основной стоимостью и основным критерием для сравнения.
Для удаленных изменений следует также учитывать время, необходимое для передачи, и потребление полосы пропускания (Можно использовать дельта-изменения, но они идут с вычислительными затратами как для отправителя, так и для получателя, а в некоторых случаях могут быть больше, чем исходный файл)
Волшебный рецепт для этой проблемы не существует.Наилучший подход - сравнить различные решения с реалистичными сценариями тестирования.
Еще одна вещь: у вас есть контроль над редактируемым файлом?Если они используются для хранения внутренней модели приложения и часто меняются, лучшим подходом будет изменение модели данных (использование базы данных / разделение ответственности между несколькими файлами).