Изменить точку отклонения ggbarplot - PullRequest
Новая
       27

Изменить точку отклонения ggbarplot

0 голосов
/ 17 октября 2018

Как изменить точку отклонения графика ggpubr::ggbarplot с 0 на 1.Все столбцы со значениями <1 направлены синим цветом вниз, используя приведенный ниже пример </p> 

library(ggpubr)
# Load data
data("mtcars")
dfm <- mtcars
# Convert the cyl variable to a factor
dfm$cyl <- as.factor(dfm$cyl)
# Add the name colums
dfm$name <- rownames(dfm)

# Calculate the z-score of the mpg data
dfm$mpg_z <- (dfm$mpg -mean(dfm$mpg))/sd(dfm$mpg)
dfm$mpg_grp <- factor(ifelse(dfm$mpg_z < 0, "low", "high"), 
                      levels = c("low", "high"))
ggbarplot(dfm, x = "name", y = "mpg_z",
          fill = "mpg_grp",           # change fill color by mpg_level
          color = "white",            # Set bar border colors to white
          palette = "jco",            # jco journal color palett. see ?ggpar
          sort.val = "desc",           # Sort the value in ascending order
          sort.by.groups = FALSE,     # Don't sort inside each group
          x.text.angle = 90,          # Rotate vertically x axis texts
          ylab = "MPG z-score",
          xlab = FALSE,
          legend.title = "MPG Group"
)

1 Ответ

0 голосов
/ 18 октября 2018

Если я понимаю, что вы хотите, я вычел 1 из "dfm $ mpg_z", что дает

Example of Result

library(ggpubr)
# Load data
data("mtcars")
dfm <- mtcars
# Convert the cyl variable to a factor
dfm$cyl <- as.factor(dfm$cyl)
# Add the name colums
dfm$name <- rownames(dfm)

# Calculate the z-score of the mpg data
dfm$mpg_z <- (dfm$mpg -mean(dfm$mpg))/sd(dfm$mpg)-1
dfm$mpg_grp <- factor(ifelse(dfm$mpg_z < 0, "low", "high"), 
                      levels = c("low", "high"))
ggbarplot(dfm, x = "name", y = "mpg_z",
          fill = "mpg_grp",           # change fill color by mpg_level
          color = "white",            # Set bar border colors to white
          palette = "jco",            # jco journal color palett. see ?ggpar
          sort.val = "desc",           # Sort the value in ascending order
          sort.by.groups = FALSE,     # Don't sort inside each group
          x.text.angle = 90,          # Rotate vertically x axis texts
          ylab = "MPG z-score - 1",
          xlab = FALSE,
          legend.title = "MPG Group"
)

Нижеэто редактирование исходного ответа, отражающее изменения, как описано в комментариях ниже.

library(ggpubr)
library(ggplot2)
# Load data
data("mtcars")
dfm <- mtcars
# Convert the cyl variable to a factor
dfm$cyl <- as.factor(dfm$cyl)
# Add the name colums
dfm$name <- rownames(dfm)

# Function to re-value things, increasing them by 1.

plus1f <- function(x){x+1}

# Calculate the z-score of the mpg data
dfm$mpg_z <- (dfm$mpg -mean(dfm$mpg))/sd(dfm$mpg)-1
dfm$mpg_grp <- factor(ifelse(dfm$mpg_z < 0, "low", "high"), 
                      levels = c("low", "high"))
ggbarplot(dfm, x = "name", y = "mpg_z",
          fill = "mpg_grp",           # change fill color by mpg_level
          color = "white",            # Set bar border colors to white
          palette = "jco",            # jco journal color palett. see ?ggpar
          sort.val = "desc",           # Sort the value in ascending order
          sort.by.groups = FALSE,     # Don't sort inside each group
          x.text.angle = 90,          # Rotate vertically x axis texts
          ylab = "MPG z-score",
          xlab = FALSE,
          legend.title = "MPG Group",


)+scale_y_continuous(labels=plus1f)

с этим кодом, дающим следующий график:

enter image description here

...