Если у вашего проекта есть папка libs для внешних зависимостей, тогда вы в порядке.Еще создайте один под основной проект.Если у вас есть jar со всеми зависимостями для алгоритма FFT, поместите его в вышеупомянутую папку libs.Затем откройте build.gradle в приложении и добавьте следующую строку в зависимостей , если его там еще нет ..:
compile fileTree(dir: 'libs', include: ['*.jar'])
Синхронизацияпроект, как вы обычно делаете.