Вы можете сделать это, переопределив родительскую активную ссылку, а затем "сбросить" синий цвет по умолчанию на дочерних элементах с помощью селектора CSS next sibling (+) на внутренних ссылках .nav-pills ...
/* parent gray */
.nav-pills .nav-link.active,
.nav-pills .nav-link:hover,
.nav-pills .nav-link:focus {
background-color: grey;
}
/* child default blue */
.nav-pills .nav-link + .nav .nav-link.active {
background-color: #007bff;
}
Демо: https://www.codeply.com/go/lfU9NTAETj