Я использую метод org.eclipse.emf.ecore.resource.Resource.save для сохранения ресурса.
this.resource.save(outputStream, getDefaultSaveOptions());
в опциях по умолчанию, которые я использую
options.put(ExtendedResource.OPTION_RESOURCE_VERSION_DESCRIPTOR,Version Descriptor);
После внесения любых изменений в модель и сохранения появляется следующее исключение.
RuntimeException произошло при вызове кода из плагина "org.eclipse.sphinx.emf": каталог расположения схемыотсутствует.java.lang.RuntimeException: каталог расположения схемы отсутствует в org.eclipse.sphinx.emf.resource.ExtendedXMLSaveImpl.addNamespaceDeclarations (ExtendedXMLSaveImpl.java:231)