Вы можете расположить эти элементы в аналогично с помощью flexbox, но порядок будет немного другим.Хитрость заключается в том, чтобы использовать flex-direction: столбец и фиксировать высоту контейнера, чтобы обернуть следующие элементы li в новые столбцы.
Вот ваша скрипка, слегка измененная:
body {
background: #000;
}
#container {
width: 500px;
height: 250px;
background: #fff;
flex-flow: column wrap;
display: flex;
}
li {
width: 115px;
height: 115px;
margin: 5px;
background: #0000ff;
}
li:nth-of-type(1) {
width: 235px;
height: 235px;
}
<div id="container">
<li>1</li>
<li>2</li>
<li>3</li>
<li>4</li>
<li>5</li>
</div>