JAXB страдает от тех же основных проблем, что и синтаксический анализ на основе DOM, то есть, вообще говоря, вся структура данных данных хранится в памяти одновременно. Тем не менее, как правило, он требует меньше памяти, чем DOM API (за возможным исключением XOM).
Сказав это, есть способы использования JAXB для чтения фрагментов больших документов потоковым способом, если это необходимо. Это довольно экзотическое использование, хотя.