Вы итерируете пользователей и на каждой итерации вы добавляете новый бит с qrcode в тело письма.Таким образом, первый пользователь имеет тело письма с одним qrcode, второй пользователь - с двумя, третий - с тремя и т. Д.
Вам нужно изменить цикл на что-то вроде этого:
while($data_email = ...){
QRCode::png($data_email['email'], $tempdir. $data_email['email'].".png", $quality, $ukuran, $padding);
$qrcode_body = "<br><br><img src='http://server/path/to/".$data_email['email'].".png'>";
$sent = mail($data_email['email'], $mail_subject, $mail_body . $qrcode_body, $mail_headers);
}