установка cellprofiler не будет запущена - конфликт версий

Question

Я пытаюсь запустить пакет анализа биоизображений 'cell profiler' в Ubuntu 16.04, следуя инструкциям по установке исходного кода, предоставленным разработчиками:

https://github.com/CellProfiler/CellProfiler/wiki/Source-installation-(Ubuntu-16.04-LTS)

Однако, когда я пытаюсь запуститьcellprofiler с терминала, я сталкиваюсь со следующим кодом ошибки, который, кажется, говорит мне, что существует конфликт версий matplotlib.Ячейка для профилирования ячеек работает с использованием python2.7, а не python3.6, который также установлен на этом компьютере, так что это может быть источником проблемы?

Сообщение об ошибке полностью:

Traceback (most recent call last):
  File "/usr/local/bin/cellprofiler", line 6, in <module>
    from pkg_resources import load_entry_point
  File "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/pkg_resources/__init__.py", line 3112, in <module>
    @_call_aside
  File "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/pkg_resources/__init__.py", line 3096, in _call_aside
    f(*args, **kwargs)
  File "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/pkg_resources/__init__.py", line 3125, in _initialize_master_working_set
    working_set = WorkingSet._build_master()
  File "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/pkg_resources/__init__.py", line 580, in _build_master
    return cls._build_from_requirements(__requires__)
  File "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/pkg_resources/__init__.py", line 593, in _build_from_requirements
    dists = ws.resolve(reqs, Environment())
  File "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/pkg_resources/__init__.py", line 786, in resolve
    raise VersionConflict(dist, req).with_context(dependent_req)
pkg_resources.ContextualVersionConflict: (matplotlib 1.5.1 (/usr/lib/python2.7/dist-packages), Requirement.parse('matplotlib>=2.0.0'), set(['scikit-image']))

Answer 1

Насколько я знаю, Cellprofiler все еще использует Python 2.7.Они перейдут на Python 3 с новейшей версией (CP 4.0).Так что на данный момент вы не можете запустить его с Python 3

Answer 2

Как уже упоминалось, Аня CellProfiler требует Python 2.7.Когда я установил CellProfiler на машину с Ubuntu 18.04 под управлением Python 3.6, я создал виртуальную среду для CellProfiler с Python 2.7 и установил все необходимые пакеты в эту среду.

Подробное описание того, как это сделать, вы можете найти здесь: https://github.com/CellProfiler/CellProfiler/wiki/Conda-Installation

Следуя этому подходу, вы можете запускать CellProfiler с Python 2.7 через виртуальную среду, пока вы все еще можете использовать Python3.6 для других ваших приложений / проектов, как и раньше.

Answer 3

В нем говорится, что ваша matplotlib - это версия 1.5.1, когда для библиотеки, которую вы пытаетесь установить, требуется версия как минимум 2.0.0.Попробуйте pip install -U matplotlib