Вы уже создали свое первое приложение в ASP.NET MVC или все еще учитесь?
Я думаю, что вам следует начать с архитектуры, аналогичной NerdDinner и рефакторинга, после того, как вы познакомитесь с работой ASP.NET MVC.
Если вы действительно хорошо разбираетесь в многоуровневой, то вы сможете понять это без посторонней помощи от нас. Попробуйте кое-что Делай то, что работает. Постарайтесь не беспокоиться о том, чтобы быть «правильным».
Часть того, что вы спрашиваете в своем вопросе, преждевременна, если вы еще не написали свое первое приложение ASP.NET MVC.
Между прочим, я нашел видео Скотта Хансельмана "File / New / NerdDinner" как просветляющее, так и интересное: http://videos.visitmix.com/MIX09/T49F